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　　 一)畸形　蘑菇發生畸形，多數是由于溫差或不利的環境誘發的；也可能與所使菌株有關。畸形主要有以下幾種：
　　
　　 1.菌柄中空。菇床上的蘑菇看起來正常，但切掉菇腳，發現菌柄有一部分中空，在一個硬芯周圍通常有一個環形空腔。而后，菌柄切面可能裂開再向后卷，使蘑菇失去美觀，質量下降。這主要是出菇期空氣濕度低，菇體水分蒸發快，土層過干，子實體得不到水分造成的。
　　
　　 2.菌柄開裂。菌柄豎直開裂有時伴有水平開裂，使菌柄裂片向上、下卷起。這是由于蘑菇先生長在非常潮濕的覆土里，后覆土干燥，后再迅速提高覆土濕度而誘發形成的開裂癥狀。
　　
　　 3.菌柄腫大。偶爾可見蘑菇菌柄腫大，可能在菌柄基部、中間或頂端。
　　
　　 4.硬褶病。開傘的病菇。從下向上看，顏色蒼白，菌褶很淺或不存在。如菌蓋破裂，則菌蓋通常顯得比平常厚。
　　
　　 5.丑形菇。子實體分化看起來模糊不清，經常與秋季第一潮菇有關。不能正常發育而變成各式各樣的丑形菇，從瘤狀直至子實體形狀尚可分辨但菌蓋卻奇形怪狀。個別的子實體還可能連在一起。
　　
　　 (二)水漬病　蘑菇發病癥狀為清晰可見的進水區，特別在菌柄，如將蘑菇揉擠，就會出水；而且有時成熟子實體會自發地流出大量清澈或有色的液體而后爛掉。
　　
　　 (三)菇蕾病害
　　
　　 1.菇蕾成叢。產生大量釘頭小菇，基本上都不能發育長大。這是由于在環境過于有利形成菇蕾時發生的。
　　
　　 2.蘑菇成團。這種病害與出菇不均應區分開。出菇不均顯而易見而原因不同。蘑菇成團指蘑菇成堆發生，這與在形成菇蕾時出現周期性低溫有關。
　　
　　 3.菌被。當菌絲長透覆土后；覆土表面著生一層厚厚的白色菌絲。菌被不透水，出菇受到阻礙。這是由于高濃度二氧化碳加上高濕度和高溫造成的。補救方法除了調整環境條件外，就是在剛剛發生菌被時立即進行輕微搔菌并重新蓋上一層覆土。
　　
　　 4.菇蕾死亡。一般在稍后的菇潮中出現，覆土發菌良好，菇蕾還是死亡產生不出菇的小區。通常是由于覆土里存在不透水的菌絲層導致覆土表面泡水引起。這種病害與菌被病相反，通常的起因是蘑菇早期噴水不足，使致密的菌絲定植在干燥的覆土里。
　　
　　 (四)臟菇　當蘑菇在太深的覆土里出菇時，經常包著覆土。原因是出菇誤時或覆土表層干燥引起深層出菇。
　　
　　 (五)玫冠病　菌蓋表面產生呈多孔狀的粉紅色菌褶組織。呈小疣狀或蜂巢狀，從菌褶分布到菌蓋上，病菇粉紅色或玫瑰色，是污染了烴類、酚類和其他化合物，被污染的覆土和某些殺蟲劑使用過量引起。
　　
　　 (六)變褐　由細菌性斑點病引起，一般是由于高濕加上經常使用效力過強的五氯酚鈉溶液來消毒菇床所致。
　　
　　 (七)起鱗　是對空氣干燥的自然反應或菇床的五氯酚鈉煙氣引起。
　　
　　 (八)隱干腐病　癥狀與干腐病相似，但能恢復生長并產生正常子實體。是因長期過多噴水所致。